Lyx, retour d'expérience d'une thèse en philosophie

Peggy vient de déposer à l'imprimeur sa thèse de philosophie, fruit de 5 années de travail. Dès le début, je lui avais conseillé de prendre Lyx, un processeur documentaire qui encourage une écriture fondée sur la « structure » de vos documents (WYSIWYM) et pas simplement sur leur affichage (WYSIWYG).

Au final, j'ajouterai de nouvelles conditions dans le choix de prendre Lyx (au lieu de OpenOffice) pour écrire sa thèse en sciences humaines : soit vous avez un informaticien à demeure, soit c'est votre deuxième thèse avec Lyx. A moins bien sûr que votre faculté propose son propre thème Lyx...

Pour les plus téméraires, voici quand même quelques liens qui m'ont beaucoup aidé et quelques trucs que j'ai découvert au passage.

1. Pour travailler à plusieurs, les sous-documents Lyx sont géniaux.
2. Pour gérer le contenu de la bibliographie, Zotero, c'est top; surtout avec la synchronisation entre plusieurs ordinateurs.
3. Pour intégrer un texte de présentation de la bibliographie, j'ai fait appel à deux hacks : le premier fut d'ajouter une variable Latex dans l'environnement {thebibliography} (grâce à cette question : Text before references, but after bibliography title with BibTeX). Et pour gérer les accents sans me prendre la tête de l'encodage, j'ai surchargé cette variable dans le Préambule Latex avec renewcommand{\myprenote}{Cette bibliographie sélective réunit les ouvrages cités dans ce travail ou consultés pour sa préparation.}.
4. Pour supprimer les références (numéro) de chaque livre dans la bibliographie, je suis passé par cette question Replace or remove bibliography numbers.
5. Pour forcer l'initialisation des numéros des notes de bas de page, j'ai trouvé cette commande \setcounter{footnote}{0} à mettre dans un Code Latex aux bons endroits.
6. Pour afficher les références bibliographiques dans l'ordre que je voulais (Nom Prénom Particule, i.e. Romilly Jacqueline de), je me suis basé sur DIY Your BibTeX Style File et beaucoup de tâtonnements.
7. Pour gérer finement les titres de chaque chapitre, j'ai bataillé ferme : le titre de chaque chapitre s'affiche en fait 3 fois avec des contraintes différentes. Au début de chapitre, il faut pouvoir maîtriser précisement les retours à la ligne : l'insertion d'un passage à la ligne fer à gauche est la solution. Sauf que dans la table des matières, il faut supprimer ces retours à la ligne : l'utilisation d'un Titre court résoud le problème. Sauf que l'entête de chaque page successive, il faut mettre un titre plus court : l'insertion d'une commande Latex \chaptermark{Titre plus court pour l'entête} fontionne, merci Fancy Heading too long pour l'astuce.
8. Pour changer le titre de la bibliographie (mettre Références bibliographiques par exemple), j'ai trouvé une réponse grâce à ce fil de discussion References instead of Bibliography.
9. Pour avoir une couverture au cordeau, j'ai préféré importer un fichier PDF directement en utilisant les typographies classiques Latex.
10. Pour forcer l'utilisation de la typographie Serif, j'ai utilisé la commande \addtokomafont{disposition}{\rmfamily} dans les classes de document (fichier *.cls).
11. Pour ajuster la citation de début de chapitre (justifié, marge de 50% à gauche, pas de ligne en dessous, auteur précédé une long tiret), je suis arrivé au code ci-dessous :

    
    \newcommand{\justified}{%
      \rightskip\z@skip%
      \leftskip\z@skip}
    
    \setkomafont{dictumtext}{\flushleft\itshape\small}
    \setkomafont{dictumauthor}{\normalfont}
    \renewcommand*\dictumwidth{.75\textwidth}
    \renewcommand*\dictumauthorformat[1]{--- #1\bigskip\bigskip\bigskip\bigskip}
    \renewcommand*\raggeddictumtext{\justified}
    \renewcommand*\dictumrule{}
    
    

Je suis aussi largement redevable à Phil Ewels et à Matthieu Perreira da Silva pour leurs sources, templates et autres retours d'expérience.

Et si jamais l'expérience devait se renouveller, je forcerais l'utilisation d'un outil de gestion de de code source (Git ou SVN, peu importe) car si Lyx n'est pas un vrai fichier texte, la bibliographie (bibtex), les templates (bst, cls, et layout) en sont bien. Et les derniers jours, les sauvegardes se sont multipliées sur ordinateur, sur disque dur externe, sur clef USB, par email, etc. avec son lot de stress à chaque échange de fichiers.

PS : au final la thèse est très jolie. Pour le fond, elle attend la soutenance courant février 2014.